巨人にとって大きなトラウマになっているのが、2011年11月の「清武の乱」。第2次原辰徳政権の6年目。2年連続で3位に沈み、プレーオフ敗退後に起きた巨人の内紛劇だ。
翌シーズンのヘッドコーチ人事に、球団会長の渡邉恒雄氏が介入。これに対し、球団代表の清武英利氏が「コンプライアンス（企業倫理）違反」を訴え、異例の記者会見を開いて痛烈に批判した。
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「衝突の発端は江川卓氏のヘッド起用です。シーズン終了の時点でGMを兼任する清武代表は、岡崎郁ヘッドの続投を内定させた。これに原監督の意を受けたナベツネさんが〝勝手に決めるな〟と内定人事を覆した。桃井恒和オーナーが、ささっと臨時取締役会を開き、清武氏の取締役解任を決議し、造反劇を1週間で制圧したが、報道の過熱で江川ヘッドの実現が困難となり、痛み分けとなった」（巨人担当記者）
だが混乱は、これで収まらなかった。
巨人を巡るスキャンダルの数々
2012年3月、朝日新聞が巨人の「新人契約金違反」をすっぱ抜いた。新人契約金は12球団の申し合わせで、最高額は「1億円プラス出来高」に定められている。
しかし、巨人は阿部慎之助に10億円、野間口貴彦に7億円、高橋由伸に6億5000万円、上原浩治と二岡智宏に各5億円、内海哲也に2億5000万円払っていたことをスクープしたのだ。
さらに同年6月には、文春砲が炸裂した。原監督が過去の不倫問題で元暴力団員にゆすられ、解決に1億円支払っていたと報じ、日本中がスキャンダルに沸いた。
「契約金は目安であり、道義的違反だが、原監督の件は違う。相手が反社会的勢力と認識した上で金銭をやり取りしていたことが事実なら、野球協約違反。永久追放の可能性があり、痛手は大きかった。清武VS巨人の第2ラウンドです」（スポーツ紙記者）
読売側は、事実関係は争わず、「巨人軍の内部資料を流出させた」として清武氏を提訴。清武氏も「名誉毀損」と反訴。この裁判は3年続き、著名な弁護士10人総がかりで取り組んだ読売側が勝訴した。